Assim que os folículos atingirem o tamanho ideal, a punção ovárica será programada e os óvulos serão colhidos com o nível de maturação indicado para a fertilização em laboratório. Este procedimento é feito em bloco operatório e sob anestesia e, portanto, não se trata de um procedimento doloroso.
Os óvulos colhidos são depois levados para o laboratório onde vão permanecer em condições semelhantes às encontradas no corpo humano, ideais à sua fertilização e ao posterior desenvolvimento dos embriões criados.
No dia da punção ovárica não são necessárias mais do que cerca de três horas para recuperar desta intervenção e é possível regressar à rotina habitual assim que saiam da clínica (com as devidas exceções que o médico poderá indicar).